Científicos identifican 1.700 proteínas desconocidas ocultas en el 'proteoma oscuro' humano
Un consorcio internacional formado por más de 60 investigadores ha descubierto 1.785 microproteínas previamente desconocidas dentro de segmentos del ADN humano que durante décadas fueron considerados funcionalmente inertes. El hallazgo, publicado el miércoles en la revista Nature, podría ampliar el proteoma humano conocido en cerca de un 10 por ciento, lo que lo convierte en una de las adiciones más importantes al catálogo de proteínas humanas en muchos años.
El Consorcio TransCODE, codirigido por el Centro Princess Máxima de Oncología Pediátrica en los Países Bajos, la Facultad de Medicina de la Universidad de Míchigan, el Instituto Europeo de Bioinformática del EMBL y el Instituto de Biología de Sistemas en Seattle, procesó 3.700 millones de puntos de datos procedentes de 95.520 experimentos. El objetivo era explorar el denominado "proteoma oscuro", una capa del genoma codificada por marcos de lectura abiertos no canónicos que las bases de datos convencionales han ignorado sistemáticamente. De 7.264 secuencias analizadas, aproximadamente el 25 por ciento produjo moléculas detectables con características similares a las proteínas.
La gran mayoría de estas moléculas son considerablemente más pequeñas que las proteínas convencionales. El 65 por ciento contenía menos de 50 aminoácidos, frente a menos del 1 por ciento de las aproximadamente 19.500 proteínas registradas en las bases de datos de referencia actuales. Solo una docena de los nuevos compuestos se asemejaba suficientemente a las proteínas tradicionales como para ser clasificada junto a ellas. Para dar cabida al resto, el consorcio acuñó un nuevo concepto biológico: el "peptideína", definido como una molécula de tipo proteico cuya función todavía no ha sido determinada. El término introduce una tercera categoría entre "proteína" y "no proteína", otorgando a estas moléculas un lugar formal en las bases de datos de referencia para futuras investigaciones.
Las implicaciones médicas del descubrimiento son especialmente relevantes en el campo de la oncología. Mediante edición genómica CRISPR a gran escala, el equipo identificó seis peptideínas que parecen esenciales para la supervivencia de las células cancerosas. Una de ellas, codificada por una secuencia genética denominada OLMALINC que hasta ahora se pensaba que no producía proteínas, comprometió la supervivencia del 85 por ciento de más de 485 líneas celulares cancerosas analizadas cuando fue desactivada. Los investigadores confirmaron que el efecto provenía específicamente de la peptideína y determinaron que cumple funciones en la división celular y en la respuesta al daño en el ADN. Numerosas peptideínas recién detectadas aparecen en la superficie de las células, donde el sistema inmunitario puede reconocerlas, lo que las convierte en posibles dianas para inmunoterapias y vacunas contra el cáncer.
El Dr. John Prensner, neuro-oncólogo pediátrico de la Universidad de Míchigan y codirector del estudio, describió los resultados como una primera aproximación a un territorio científico prácticamente inexplorado. El Dr. Sebastiaan van Heesch del Centro Princess Máxima subrayó que las peptideínas ya ocupan un lugar central en varias iniciativas de desarrollo de fármacos y confió en que la publicación en acceso abierto de todos los datos generados impulsará el descubrimiento de nuevas dianas terapéuticas, especialmente en el ámbito de las inmunoterapias celulares y las vacunas oncológicas.
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